Además de su investigación propia, Wyeth realiza labores de investigación y desarrollo de fármacos, principalmente de carácter biotecnológico, en colaboración con otras compañías altamente especializadas. Para ello ha establecido múltiples alianzas estratégicas. Las más importantes son las siguientes.

• Plexxikon: Alianza de investigación dedicada al descubrimiento de nuevas líneas de trabajo en el campo de la diabetes y otros trastornos metabólicos.
  
• Exelixis: Asociación orientada al desarrollo de terapias dirigidas al receptor 'farnesoid X' (FXR), un receptor nuclear hormonal implicado en el desarrollo de varias enfermedades metabólicas y hepáticas.
  
• Karo Bio: Colaboración estratégica orientada al desarrollo de nuevas terapias enfocadas a la prevención y el tratamiento de la arteroesclerosis a través de la diana constituida por el receptor X del hígado (LXR).
  
• Zealand: Acuerdo de investigación y desarrollo de tres años de duración para un compuesto capaz de modificar las uniones GAP dirigido a alteraciones cardiovasculares.
  
• Opsona: Asociación orientada a la validación de dianas y nuevas aproximaciones terapéuticas en enfermedades inflamatorias basadas en dianas relacionadas con los receptores 'Toll-like' (TLR).
  
• Solvay: Acuerdo de investigación y desarrollo que tiene como objetivo co-desarrollar 4 compuestos en el área de neurociencias, y más concretamente en el campo de la esquizofrenia. Entre ellos destaca bifeprunox, actualmente en fases avanzadas de desarrollo.
  
• Curis: Este acuerdo de colaboración trata de desarrollar pequeñas moléculas agonistas de la ruta Sonic Hedgehog en el tratamiento de alteraciones neurológicas, inicialmente orientadas a la patología cerebro-vascular.
  
• Elan: Acuerdo de investigación y desarrollo en inmunoterapia para el tratamiento y prevención de la enfermedad de Alzheimer y el desarrollo y comercialización de nuevas terapias para las alteraciones del sueño.
  
• Neurome: Descubrimiento y desarrollo orientado a la investigación en enfermedades neuro-degenerativas usando la tecnología y la experiencia de desarrollo en neuropatología cuantitativa propiedad de Neurome.
  
• Galapagos: La alianza con Galapagos pretende expandir la capacidad de descubrimiento de Wyeth en el campo de la osteoporosis a través del acceso al archivo de su propiedad de genes adenovirales con capacidad de silenciar y susceptibles de unirse a fármacos.
  
• Trubion: Alianza estratégica para el descubrimiento y desarrollo, así como la comercialización de nuevos compuestos biofarmacéuticos utilizando la biblioteca de pequeños moduladores inmunofarmacéuticos propiedad de Trubion.